Matching primary tumor and blood gene expression analysis of HPV-negative squamous head and neck cancers (BIOMATCH - Head and Neck) - PNRR-MCNT1-2023-12377359

Il nostro gruppo presso la Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori ha precedentemente sviluppato e validato una stratificazione molecolare in pazienti affetti da carcinoma squamoso della testa e del collo (HNSCC) in fase curabile, con valore sia prognostico sia predittivo, basata sull’espressione genica (GE) del tessuto tumorale.

Il presente progetto si propone di trasferire questa stratificazione molecolare alle biopsie liquide, utilizzando una coorte di pazienti con HNSCC HPV-negativo in fase curabile, al fine di prevedere e monitorare con facilità il rischio di recidiva dopo il trattamento.

Saranno raccolti prospetticamente 300 pazienti di nuova diagnosi, con vetrini patologici del tumore primario e serie di campioni di sangue longitudinali abbinati, per analisi biologiche che includeranno:

i) integrazione multi-omica a livello bulk, single-cell e spaziale per la stratificazione dei sottotipi;

ii) profilazione di biomarcatori circolanti;

iii) sviluppo di modelli basati su intelligenza artificiale per il monitoraggio longitudinale tramite biopsie liquide;

iv) sviluppo di modelli basati su vetrini tumorali per ottimizzare la classificazione in vista di future applicazioni nella pratica clinica.